【2026年10月〜】インボイス経過措置が80％から70％控除へ｜新設の1億円上限にも注意
こんにちは！税理士の長岡です。今回は、「インボイス経過措置の改正について！」の内容になります。
2023年に始まったインボイス制度の経過措置により、免税事業者等からの仕入れについては現在80％の仕入税額控除が認められています。この措置が2026年9月末で区切りを迎え、10月1日からは「70％控除」に変わります。
当初は50％へ一気に引き下げられる予定でしたが、令和8年度税制改正により激変緩和が図られ、70％という段階が新たに設けられました。ただし「緩和されたから安心」ではありません。控除割合が10ポイント下がる以上、免税事業者との取引が多い会社には確実にコスト増が生じます。加えて、あまり報じられていない新しい上限規定も設けられました。
4段階の縮減スケジュール
| 期間 | 当初の予定 | 改正後 |
|---|---|---|
| 2023年10月〜2026年9月 | 80％控除 | 80％控除（変更なし） |
| 2026年10月〜2028年9月 | 50％控除 | 70％控除 |
| 2028年10月〜2030年9月 | 50％控除 | 50％控除 |
| 2030年10月〜2031年9月 | 控除不可 | 30％控除 |
| 2031年10月〜 | 控除不可 | 控除不可 |
経過措置の適用期限が2年間延長され、控除割合が多段階化された形です。最終的に控除が廃止される方向性は変わっていません。ゴールが5年先に延びただけだと受け止めてください。
自社への影響額はいくらか
計算はシンプルです。免税事業者等からの税込仕入額に対して、控除できる金額が10％分減ります。
税込110万円の仕入れの場合、消費税相当額は10万円。控除できるのは80％なら8万円、70％なら7万円で、差額は1万円です。年間で免税事業者から1,100万円仕入れている会社なら、年10万円のコスト増になります。
まずは「免税事業者等からの仕入れが年間いくらあるか」を集計してください。会計ソフトで経過措置の税区分を使っていれば、その集計は簡単に出せるはずです。
【新設】1億円の上限にご注意ください
あまり知られていませんが、今回の改正では新しい上限規定が設けられました。
70％・50％・30％の控除について、特定の1事業者（一のインボイス発行事業者以外の者）からの課税仕入れの合計額（税込）が、その年または事業年度で1億円を超える場合、その超えた部分については経過措置が適用できません。改正前の上限は10億円でしたので、大幅な引き下げです。この見直しは、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。
1億円と聞くと「うちには関係ない」と思われるかもしれませんが、特定の外注先に業務が集中している会社では、意外と現実的な水準です。建設業や運送業で、主要な一人親方・個人事業主への支払いが大きい場合は、必ず確認してください。
【実務】10月1日前後の取引は、どちらの割合になるのか
今回の改正は事業年度の途中であっても適用されるため、10月1日をまたぐ取引の扱いが実務上の論点になります。国税庁はこの点について、Q&Aで判断基準を示しています。
判定の基本は「いつの取引か」です。役務提供であれば役務の提供を受けた日（原則として完了日）で判断します。請求書の日付や支払日ではありません。
つまり、9月中に完了した業務の請求書が10月に届いても、控除割合は80％という扱いになります。逆に10月に完了した業務は70％です。9月末から10月初旬にかけての伝票は、日付をよく確認してから入力してください。ここは経理担当者への周知が必須のポイントです。
会計ソフトの設定変更を忘れずに
2026年10月以降の取引で「70％控除」の税区分を正しく選択できるよう、システムの更新と社内周知を進める必要があります。
クラウド会計をお使いであれば、多くの場合はベンダー側で税区分が追加されます。ただし自動仕訳ルールや取引先マスタに旧区分が固定されている場合は、手当てが必要です。10月に入ってから気づくと、遡って修正する羽目になります。9月中の点検をおすすめします。
売り手側（免税事業者・小規模事業者）への支援も
今回の改正では、買い手側の控除割合だけでなく、売り手側への支援も見直されました。インボイス制度を機に課税事業者となった個人事業者向けに、「3割特例」が設けられ、簡易課税への移行緩和もあわせて手当てされています。
免税事業者のまま取引を続けるか、登録して課税事業者になるか。判断材料が増えていますので、該当する方は個別に試算されることをおすすめします。
取引先との交渉で気をつけたいこと
控除できない分をどう負担するかは、最終的に取引先との話し合いになります。ただしここで注意が必要です。
免税事業者に対して、一方的に取引価格の引き下げを通告したり、応じなければ取引を打ち切ると示唆したりする行為は、独占禁止法や取適法（旧名称：下請法）上、問題となるおそれがあります。「インボイス登録しないなら値下げ」という進め方は避け、双方が納得できる形で協議してください。
実務的には、①まず自社の影響額を正確に把握する、②取引先ごとに登録状況を確認する、③影響の大きい先から個別に協議する、という順番が現実的です。全社一律の通知文を送るのは、いちばん揉めるやり方だとお考えください。
経過措置の期間中にやるべきこと
- 取引先の登録状況を棚卸しする：免税事業者等がどこに何社あり、年間いくら支払っているか
- 影響額を金額で把握する：70％、50％、30％の各段階でいくらの負担増になるか
- 2031年10月を見据えて取引体制を考える：最終的に控除がゼロになる前提で、どう対応するか
3つ目が本質です。経過措置は5年延びましたが、いずれ終わります。いま慌てて取引を切るのではなく、5年かけて備える。その時間ができたと捉えるのが、今回の改正の正しい受け止め方だと思います。
当事務所がお手伝いできること
- 免税事業者等からの仕入額の集計と、段階別の影響額シミュレーション
- 1億円上限に該当するかどうかの確認
- マネーフォワードクラウド会計での税区分設定・自動仕訳ルールの点検
- 取引先との協議に向けた資料づくり
- 免税事業者の方の、登録・簡易課税・特例の有利判定
よくあるご質問
Q. 帳簿と請求書の保存要件は変わりますか？
A. 経過措置の適用を受けるには、これまでどおり一定の事項を記載した帳簿と請求書等の保存が必要です。
Q. 消費税の納税額はどれくらい増えますか？
A. 免税事業者等からの仕入割合によります。ほとんど取引がなければ影響はありませんし、外注比率の高い業種では無視できない金額になります。
Q. 期の途中で切り替わるのは面倒では？
A. その通りですが、事業年度の途中でも適用されます。だからこそ10月1日前後の日付管理が重要になります。
まとめ｜9月中の準備で、10月が変わります
2026年10月1日以降、免税事業者等からの仕入れに係る控除割合は80％から70％に引き下げられます。減少幅は緩和されましたが、最終的に控除が廃止される方向性は変わりません。
やるべきことは、①影響額の把握、②会計ソフトの設定点検、③10月1日前後の日付管理の周知。いずれも9月中に手をつけられる話です。
「自社の影響額がいくらか知りたい」というご相談から承ります。集計のお手伝いも可能ですので、お気軽にお声がけください。
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長岡会計事務所（兵庫県芦屋市）／認定経営革新等支援機関
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※本記事は2026年8月時点の公開情報をもとに作成しています。個別の取扱いについては、国税庁の公表するQ&A等をご確認いただくか、当事務所までご相談ください。
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