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年末調整と確定申告の違い｜所得控除の対象・必要書類・原本要否を徹底解説！

年末調整でできる所得控除・できない所得控除
経営者が知っておくべき、控除の範囲・証明書の原本要否・ミスを防ぐ実務ポイント

はじめに：年末調整と確定申告の違いを理解しよう

年末が近づくと、「社員から医療費の領収書やふるさと納税の控除証明書を渡された」という経営者の方も多いのではないでしょうか。
しかし実は、医療費控除やふるさと納税（寄附金控除）は年末調整ではできません。

この誤解は非常に多く、毎年のように年末調整の現場で混乱が起こります。
なぜなら、「所得控除」という言葉は同じでも、手続きが年末調整と確定申告で分かれているからです。

本記事では、

  • 年末調整でできる所得控除
  • 確定申告でしかできない所得控除
  • 書類の原本要否の一覧表
  • よくある間違い事例（医療費・ふるさと納税）

をわかりやすくまとめ、経営者が自社の年末調整業務をスムーズに進められるように解説します。

第1章：そもそも「年末調整」と「確定申告」の関係とは？

● 年末調整は“簡易版の確定申告”

年末調整は、給与所得者の税金を会社が代理で調整する手続きです。
毎月源泉徴収していた所得税の合計と、1年間の正しい税額を比較し、過不足を調整します。

確定申告は、すべての所得（給与・事業・不動産・配当など）を合算して税額を確定する手続きです。

つまり、年末調整は「給与所得だけの人」のための簡易的な確定申告のようなもの。
そのため、給与以外の所得や一部の控除は対象外となります。

第2章：年末調整でできる所得控除一覧

以下は、年末調整で適用できる主な所得控除です。
それぞれの概要と必要書類、原本の要否を整理しました。

控除名内容必要書類原本要否
社会保険料控除国民年金・厚生年金・健康保険などの支払分国民年金保険料控除証明書（年金機構から送付）原本必要
生命保険料控除生命保険・介護医療・個人年金保険の支払分保険会社からの控除証明書原本必要
地震保険料控除地震保険・旧長期損害保険などの支払分保険会社からの証明書原本必要
配偶者控除・配偶者特別控除配偶者の所得が一定以下の場合保険料控除申告書兼配偶者特別控除申告書原本不要
扶養控除扶養家族（子・親など）がいる場合扶養控除等申告書原本不要
障害者控除障害者手帳や特別児童扶養手当などがある場合障害者手帳など原本写し可（提出不要の場合あり）
寡婦（夫）控除・ひとり親控除条件を満たす配偶者・子供の有無による控除扶養控除等申告書に記載原本不要
勤労学生控除所得が一定以下の学生学生証または在学証明書原本不要（写し可）
小規模企業共済等掛金控除iDeCoや中小企業共済の掛金掛金払込証明書原本必要
住宅ローン控除（2年目以降）住宅借入金等特別控除の継続適用控除申告書＋年末残高証明書原本必要

✅ ポイント
初年度の住宅ローン控除は年末調整ではなく確定申告で行います。
2年目以降は、年末調整で会社に提出することで適用可能です。

第3章：確定申告でしかできない所得控除一覧

年末調整では対応できず、本人が確定申告を行う必要がある所得控除は以下のとおりです。

控除名内容提出書類年末調整でできない理由
医療費控除自分や家族の医療費が年間10万円（所得200万円未満なら5％）を超えた場合領収書、医療費控除の明細書医療費の確定額を本人しか集計できないため
寄附金控除（ふるさと納税含む）自治体・学校などへの寄附金寄附金受領証明書所得や寄附先により計算が異なるため
雑損控除災害・盗難・シロアリ被害などの損失被害証明書など個別事情に基づくため
住宅ローン控除（初年度）住宅を購入・新築した初年度登記事項証明書・残高証明書税務署が審査するため
社会保険料控除（本人が別口で支払い）家族の分を本人が支払った場合など領収書・証明書給与から控除されていないため
雑所得・副業の経費控除副業・投資・講演など収支内訳書給与所得以外のため
国民年金基金・iDeCoの未提出分年末調整で出し忘れた証明書証明書原本年末調整締切後の提出不可のため

💡 ふるさと納税は“確定申告”が基本
ただし、寄附先が5自治体以内で「ワンストップ特例制度」を申請していれば、確定申告は不要です。
しかし、6自治体以上に寄附した場合や、他の控除（医療費など）を申告する場合は、必ず確定申告が必要になります。

第4章：原本が必要な控除・不要な控除 一覧表まとめ

控除名原本必要理由
国民年金保険料控除必要日本年金機構発行の証明書が必要
生命保険料控除必要保険会社発行の証明書原本が必要
地震保険料控除必要保険会社発行の証明書原本が必要
小規模企業共済等掛金控除必要共済機構発行の証明書原本が必要
住宅ローン控除（2年目以降）必要金融機関発行の残高証明書が必要
配偶者控除・扶養控除・障害者控除不要申告書に記載で完結（証明書は保管）
勤労学生控除原本不要（写しで可）在学証明書など
医療費控除・寄附金控除× 年末調整不可確定申告で申請

第5章：よくある誤り ― 医療費・ふるさと納税の勘違い

● 医療費控除は年末調整ではできない

社員から「医療費の領収書を提出します」と言われたら、確定申告で処理するものと伝える必要があります。
年末調整では、会社は従業員本人や家族の医療費を把握できないため、適用できません。

🔹 医療費控除の条件

  • 年間10万円（所得200万円未満の場合は5％）を超える部分が控除対象
  • 治療目的の費用のみ（美容整形・健康食品は対象外）

🔹 医療費控除の誤解

  • 年末調整の書類と一緒に領収書を提出しても、税額は変わりません。
  • 翌年2月16日〜3月15日の確定申告で申請する必要があります。

● ふるさと納税も、原則は確定申告で

「ふるさと納税したから年末調整で控除してほしい」と言われた場合も同様です。

年末調整では対応できません。
ただし、ワンストップ特例制度を使えば確定申告不要となります。

🔹 ワンストップ特例の条件

  • 寄附先が5自治体以内
  • 寄附のたびに申請書を提出している
  • 確定申告をする必要がない人（会社員など）

6自治体以上に寄附した場合や、副業・医療費控除を行う場合は、
必ず確定申告が必要になります。

第6章：年末調整で控除漏れを防ぐための経営者チェックリスト

経営者として、年末調整の漏れを防ぐには以下を確認しましょう。

✅ 従業員向け案内

  • 医療費控除・ふるさと納税は会社では処理できないことを明記
  • 控除証明書の「原本」を提出してもらうよう指示
  • 締切日を明確に伝える

✅ 経理担当者向け管理

  • 控除証明書は年内（12月給与処理前）にすべて回収
  • 提出書類のチェックリストを作成
  • 書類の保管期間は原則7年間（税務調査対応のため）

✅ 税理士・社労士との連携

  • 年末調整の実施タイミング（12月給与反映）を共有
  • 翌年1月の「法定調書提出期限（1月31日）」を意識
  • 源泉所得税の納付スケジュール（1月10日）も確認

第7章：電子化による年末調整の効率化

現在、年末調整は電子化が急速に進んでいます。
クラウド給与ソフトを導入すると、従業員がスマホで証明書を撮影・アップロードでき、経理側は自動計算。

おすすめのサービス：

  • マネーフォワードクラウド給与
  • freee人事労務
  • 弥生給与

電子化によって、提出漏れ・記入ミス・控除漏れが激減し、経営者の確認負担も軽くなります。

最後に：年末調整は“社員の信頼を守る税務”

年末調整は単なる税務手続きではなく、社員との信頼を築く大切な経営業務です。
経営者が「どこまでが年末調整で、どこからが確定申告か」を理解しておくだけで、

  • 社員への説明がスムーズになる
  • 税務署からの指摘を防げる
  • 会社の管理レベルが向上する

という大きな効果があります。

「税金を整えること」は、「信頼を整えること」。
年末調整の理解が、会社全体の信頼を支える基盤となります。

✏️ まとめ

  • 年末調整は給与所得に限定。医療費控除・ふるさと納税は確定申告。
  • 控除証明書の原本提出が必要なもの・不要なものを明確に区別。
  • 経営者の理解と社員への周知で、ミスのない年末調整を。
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