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住宅ローン控除の初年度は年末調整不可！経営者が必ず知るべき実務対応と注意点

住宅ローン控除の初年度は年末調整で適用できない！
経営者が従業員へ正しく案内するための実務ポイントを徹底解説

はじめに：住宅ローン控除は“初年度だけ特別扱い”

住宅を購入した社員が増えてくると、年末調整の時期に必ずといって出てくるのが

「去年住宅を買ったので、年末調整で控除をお願いします！」

という申し出です。

しかし、住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、

✅ 初年度だけ確定申告が必要
✅ 2年目以降は年末調整で適用可能

というルールになっています。

この違いを理解していないと、従業員の税金が正しく処理されず、

  • 還付が遅れる
  • 控除漏れが発生する
  • 不満を生む

といった問題につながります。

経営者として、従業員の生活に大きな影響を与える制度だからこそ、しっかり解説できる知識を持っておきましょう。

第1章：住宅ローン控除とは？制度の目的と概要

住宅ローン控除とは、
「住宅ローンを利用してマイホームを取得した人の税負担を軽減する制度」です。

住宅ローンの年末残高 × 控除率（原則1％）
＝所得税から直接控除

となり、納めた税金が還付される仕組みです。

例えば、住宅ローン年末残高が3,000万円の場合、

3,000万円 × 1％ ＝ 30万円

本来の所得税額が30万円以下であれば全額戻ってくる、とてもメリットの大きい制度です。

第2章：なぜ初年度だけ確定申告が必要なのか？

理由は明確です。

✅ 初年度は“住宅の取得内容やローンの適格性を税務署がチェックする必要がある”ため。

住宅ローン控除には多くの要件があります。
例えば…

  • 自分が居住するための住宅か？
  • 床面積50㎡以上あるか？
  • 中古の場合は耐震基準を満たすか？
  • 贈与や親族売買ではないか？
  • 返済期間10年以上のローンか？

税務署としては、これらが条件を満たしているか
初年度だけは厳格に審査したいのです。

だから、税務署へ提出する確定申告が必須となります。

第3章：どの書類が必要になる？初年度の必要書類一覧

住宅ローン控除の初年度には、以下の書類が必要になります。

書類名入手先
住宅借入金等特別控除額の計算明細書税務署または国税庁サイト
住宅ローンの年末残高証明書金融機関など
住民票市区町村役場
登記事項証明書法務局
売買契約書（請負契約書）の写し不動産会社
源泉徴収票勤務先発行
長期優良住宅・省エネ住宅の証明書（該当する場合のみ）建築会社等

これらの書類を揃えるのは社員にとって負担が大きいので、
早めに案内しなければトラブルになります。

第4章：2年目以降は年末調整でOK！その理由は？

初年度に税務署が内容をチェックし、適格と認められれば、
2年目以降は会社で処理可能となります。

提出書類も簡単。

必要書類提出先
控除申告書（税務署から送付）勤務先
住宅ローン年末残高証明書勤務先

税務署による審査は初年度のみ行われるため、
2年目以降は年末調整のみで済む仕組みです。

第5章：経営者が従業員に伝えるべき注意点

社員に誤解が多いので、経営者や経理担当者は以下の点を確実に案内しましょう。

✅ 年末調整では初年度は絶対に処理できない！

「去年家を買いました！」
→ 初年度は確定申告が必要です！

年末調整書類に混ざって
・登記事項証明書
・住宅ローン残高証明書
を提出されるケースが本当に多いです。

✅ 確定申告の期間を必ず伝える

✅ 翌年2月16日～3月15日（原則）
※還付申告は1月から提出可能

従業員にとっては還付のチャンスなので、忘れないようにサポートしましょう。

✅ e-Taxを案内すると喜ばれる

最近はスマホ申告も可能！

  • マイナンバーカードがあれば自宅で申告終了
  • 税務署に行く必要なし
  • 還付も早く受け取れる

社員のお金と時間の負担を減らせます。

✅ 引っ越した年は住民税の通知がずれる可能性あり

住所変更が反映されるタイミングにズレがあり、
住民税が旧住所へ届くことがあります。

経営者としては、従業員の戸惑いを減らすためにも案内しておくと良いでしょう。

第6章：よくある質問（経営者が答えられるべきQ&A）

質問回答
Q. 初年度を忘れて2年目以降だけ年末調整するのはダメ？A. 初年度を適用しないと2年目以降も受けられません。必ず確定申告を！
Q. ペアローンの場合は？A. それぞれ申告が必要です（割合計算あり）。
Q. 12月に入居できなかった場合は？A. 控除は翌年からとなります。居住の事実が必要。
Q. iDeCoや生命保険の控除と一緒にできる？A. もちろん可能。ただし書類の提出漏れに注意。

第7章：従業員に案内するための「社内通知テンプレート」

そのままコピーして使っていただけます👇

📌 【重要】住宅ローン控除 初年度の手続きについて

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の初年度は、会社での年末調整では適用できません。
必ず従業員ご自身で確定申告（税務署またはe-Tax）をお願いいたします。

■ 対象
前年に住宅ローンを利用して居住開始された方

■ 手続き方法
税務署での確定申告、またはe-Taxをご利用ください。

■ 申告期間
翌年2月16日～3月15日
※還付申告は1月以降いつでも可能

■ 必要書類の例

  • 登記事項証明書
  • 住宅ローン年末残高証明書
  • 源泉徴収票
  • 売買契約書の写し など

不明な点は経理担当までお尋ねください。

最後に：住宅ローン控除は“従業員を守る税務”でもある

住宅購入は人生の大きなイベント。
その税制優遇が正しく受けられないと、従業員の不満につながります。

経営者が制度を理解し、
「正しい情報を丁寧に説明する」
ことで、従業員の信頼はより強くなります。

会社は人で成り立っています。
税金でも信頼を守る会社は、必ず強い組織へと成長します。

ぜひ、従業員の生活を支える視点を持って、
住宅ローン控除を正しく案内してあげてください。

✏️ この記事は、税務を“経営支援の武器”に変える視点で執筆しています。
年末調整や確定申告、住宅ローン控除に関するサポートも行っていますので、お気軽にご相談ください。

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